Det meste af Bullerup hører til Agedrup Sogn. Agedrup Kirke ligger i Agedrups sydøstlige del. Agedrup var allerede vokset sammen med Bullerup og blevet en bydel i byen Bullerup, da Agedrup Sognekommune ved kommunalreformen i 1970 blev indlemmet i Odense Kommune. Derefter var Bullerup i en årrække en by i Odense Kommune, men siden 1. januar 2007 har Danmarks Statistik anset Bullerup for at være en bydel i selve Odense. Det skyldes at Bullerup er vokset sammen med bydelen Seden, som er vokset sammen med Odense. Det vestligste hjørne af Bullerup hører til Seden Sogn.